Trouvé sur My Linux Way et sur Ubuntu forums après une recherche quelque peu difficile...

En 5 étapes :
 Installer le paquet pidgin-extprefs avec Synaptic
 Dans les plugins de Pidgin, cocher "Extented preferences"
 Configurer le plugin "Extented preferences" en cochant "Hide buddy list at startup"
 Créer un script pour démarrer pidgin :

 Dans le menu Système > Préferences > Sessions, ajouter ou modifier la référence à pidgin en la pointant vers le script nouvellement créé

Si ça ne fonctionne pas, augmenter la valeur du "sleep" jusqu’à obtenir satisfaction.